LAMMPS 分子动力学模拟工具包

2023年 11月 4日 29.9k 0

LAMMPS ("Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator",大尺度原子/分子并行模拟工具)是由桑迪亚国家实验室开发的一套分子动力学模拟的开源程序包。LAMMPS当前使用C++编写,早期版本使用Fortran77以及Fortran90。

LAMMPS使用MPI实现多机器并行计算,在新的版本中,支持基于CUDA和OpenCL的GPU计算。

LAMMPS
                                                                                                                            分子动力学模拟工具包-1

 

LAMMPS提供了元素周期表中原子对应的经验势函数,可进行与实际体系对应的分子动力学模拟,例如计算金属铝的晶格常数,或水的密度,得到与实验吻合的结果。另一方面也提供了多种模型势函数,可用于进行粗粒化模拟,例如模拟基于粒子-弹簧模型的高分子链的性质。

LAMMPS作为实用程序包,采取了很多成熟的优化算法。例如在短程相互作用的计算中运用韦尔莱表和元胞列表优化临近粒子的扫描。

用户可在下至个人电脑,上至计算机集群上运行LAMMPS。在并行环境下,LAMMPS使用空间分解技术,将整个模拟体系分解成若干个更小的体系传递给不同处理器执行,边界的处理则使用“幽灵原子”保证整体的连续。LAMMPS对粒子密度均匀的立方体盒子体系的效率最高。

LAMMPS具有广泛的硬件加速支持,例如GPU (CUDA, OpenCL, HIP, SYCL), Intel Xeon Phi, 以及基于OpenMP多线程支持。

LAMMPS最初为一美国政府与私人机构合作项目,由美国能源部与另外三所私有企业实验室合作开发。目前由桑迪亚国家实验室负责维护和发布。

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